在莉莉安女子学院，每个一年级的新生都会被一位二年级的学姐选为“妹妹”，而这个学姐也会以“姐姐”的身份照顾选中的学妹，不管是学习还是生活上。这其实是一种一对一的监护人制度，这种制度不但可以让新生更好的适应学院生活，同时也能促进不同年级学生的交流，使学院更团结。当然，其中也有一些教的因素。在莉莉安女子学院中，学生会“山百合会”是由红、白、黄三个玫瑰家族掌控，因此玫瑰家族中每一个都是学生中的精英，也是其她学生的对象。而本作的主角福沢祐巳开始只是个平凡的新生，但却在阴差阳错之下被她一直的学姐，红玫瑰家族二年级的小笠原祥子选为妹妹，因此也展开了她不平凡的校园生活。
关于孪生姐妹之间超过亲情以上的暧昧关系，以及两姐妹在一个学妹的出现所产生的隔阂。剧中樱井雪乃和樱井奏是双胞胎。在同学的渲染下，奏误会雪乃对学妹神山咲夜产生情愫，进而疏远和雪乃的关系。雪乃察觉奏对自己的冷漠，大胆向奏告白示爱，两姐妹终于认清对方是自己的最爱。
高山春香与园田优两位好友，一起升学至3年后即将面临合并废校的美里西高中。喜欢优的春香，对于优很快就和其他同学混熟感到很不是滋味，而想成为优最特别的好友。察觉春香想法的优，提议两人一起进行“绝对不会和其他同学一起做的事情”，而对春香来说，绝对不会和其他同学一起做的“特别行动”便是“接吻”
日本的某处、被美丽的大自然所包围的山间小镇上，设立着一所自然而亲切的巨大绚烂豪华学校，私立乙桥学校。通过学园中平凡的少女来栖川姬子为中心，故事开始了。
名门的大小姐，文武双全、才色兼备，没有的性格学院的偶像，姬宫千歌音，以及姬子的青梅竹马，有点没用但却很诚实的大神相马。被两位伙伴包围着，明亮而快乐的生活。
就读于“松冈女子高等学校”的万城目富美在高中入学当天，在镰仓站与10年没见的青梅竹马、就读于贵族学校“藤之谷女学院高等部”的奥平明偶然重逢。两人从此一起上学，很快就找回了往日的友情。当时，沉湎于失恋痛苦中的富美遇到了英俊的学姐杉本恭己；而与此同时，小明的同学井汲京子也陷入对恭己的单恋中
七森中学里的“茶道部”本是已经废部的空活动室，却被4个女新生占据了。学生会为此也大伤脑筋，宣布与她们作战到底。时而欢笑时而百合的日常生活就这样开始了。
出生良好家庭，亲朋好友团聚，时哭时笑，这是谁都拥有的日常生活。市立见泷原中学的平凡中二女生－鹿目圆，就是其中一位。一天，一个不可思议的人出现在她眼前。不知是偶然抑或注定，可以肯定的是，这相遇改变了她的命运，一个新的魔法少女故事亦随即开始。
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