私立莉莉安女子学园创立于明治三十四年，原本是为贵族的千金小姐而设，是一所具有深厚传统的女子学园。学园位于东京郊外的武藏野，四面环翠，被诸神守护，是为少女提供幼儿园直通大学的精英教育的乐园。
学园由相当于普通学校学生会的山百合会管理，其正式的干部只有红蔷薇黄蔷薇白蔷薇3位蔷薇大人。蔷薇大人的妹妹们则称为花蕾，作为下届的蔷薇，被大家所认同。
这是个很久很久以前的故事，在某个地方有位失去了父亲母亲，而陷入深深悲伤的小公主，就在这位公主面前，出现了一位骑着白马四处旅行的王子，威风凛凛的身影、温柔的笑容，王子用蔷薇的芬芳怀抱着公主，并且悄悄地拭去了她的眼泪，独自一人深刻哀伤的幼小的你，希望你即使在长大以后，无论如何，都不要失去这份坚强与。这个就作为今日的回忆吧，我们还能再相见吧?，这枚戒指或许会你到我所在之处吧，王子所赠送的戒指应该是订婚戒指吧，虽然这是件好事，可是公主太过憧憬王子了，因此决定自己也要来当王子，但是这样真的好吗?
凤学园的王子游戏是持有蔷薇刻印的候补者间用剑进行的决斗，胜者将得到蔷薇新娘并拥有其完全的支配权。天上欧蒂娜在小的时候遇见了迪奥斯并得到了他赠送的蔷薇戒指，之后她转入凤学院就读，为了给好友若叶报仇而战胜了西园寺成为新的王子。在与蔷薇新娘姬宫安茜的交往中，两人的思想都逐渐发生了变化。
万城目富美在入学典礼的那一天，与分别10年、就读于另一所女校的青梅竹马奥平明相遇了。活泼爽朗的明与打扮朴素的爱哭鬼富美，两名女生不久就回忆起儿时的 情谊。酷酷的篮球部部长、校内的大杉本恭己;明的同学、总给人一种成熟感的井汲京子。两所女校的四个女生，从此展开似恋非恋、复杂细腻的青春故事……。 如果我喜欢的人是女生你会怎么办?
东叶月爱上了身为同性的初美，然而，她深爱的人儿却在十六岁生日那天莫名消失了。为了寻找初美，叶月来到了图书馆，在这里，等待着她的是名叫莉莉丝的图书管理员。莉莉丝告诉叶月，初美的真身其实正是创世始祖夏娃，此时的她正在无数个平行空间里的某一个中生活。
莉莉丝意外发现叶月的样貌和亚当很像，因此而爱上了她，于是，两人结伴，踏上了寻找初美的旅途。穿越在一个又一个迥异的世界中，遇见各种各样的旅人，叶月和莉莉丝并不知道，这趟旅途的终点在哪里，亦不知初美是否会在那里等待着她们。
就读初中二年级的鹿目圆，过着平凡幸福的生活。神秘转学生晓美焰的出现，开始让小圆的命运有了巨大转变。某日一只名为丘比的神秘生物，希望小圆能够与它签订魔法契约，成为魔法少女以对抗的魔女世界。正当小圆犹豫烦恼之时，好友沙耶香先一步成为魔法少女后，两人才发现原来签订契约后，需付出的代价远比远比想象中巨大甚至，这一切都再次冲击小圆想成为魔法少女的想法。
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