百合的主要应用价值在于观赏，其球根含丰富淀粉质，部分品种可作为蔬菜食用，中医认为百合性微寒平，具有清火、润肺、安神的功效，其花、鳞状茎均可入药，是一种药食兼用的花卉。
百合对于神经衰弱的患者有食疗作用。记忆力减退、失眠多梦、头晕目眩、眼睛发黑甚至患有癔症。使用百合后会得到有效的治疗。
经常出现心跳、惊慌、心烦、舌质发红、不安的人可多食用一些百合，这是因为百合有宁心的功能，常食用可以缓解上述症状。
有一类人言语低沉，呼吸微弱，舌干口苦，食欲不振，经常处于萎靡状态，这就是中气不足的表现，如果多吃些百合，就能缓解以上症状。
有的妇女常伴低温发烧症状，这是典型的阴虚现象，百合可补阴并有消炎作用，多吃百合可有效消除此症。
百合具有清肺功能，对发热咳嗽治疗效果不错，此外食用百合能加强肺的呼吸功能，因此又能治肺结核，因此食用百合对于气管病患者有裨益。
百合能够止咳、祛痰、平喘。实验表明，百合水提液给小鼠灌胃，可使二氧化硫引咳之咳嗽潜伏期延长，咳嗽次数减少，亦可使酚红排出量显著增加，百合煎剂对氨水引起的小鼠咳嗽有止咳作用，小白鼠肺灌流使流量增加，并能对抗组胺引起的蟾蜍哮喘。
百合含有丰富的秋水仙碱，可用于痛风发作关节痛的辅助治疗。秋水仙碱不影响尿酸的排泄，而是通过白细胞的活动及细胞的作用，减少尿酸形成的尿酸盐沉积，起到迅速减轻炎症，有效止痛的作用，对痛风发作所致的急性关节炎症有辅助治疗作用。
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